La principal polémica que ha generado esta medida es la protección de la intimidad ya que los escáneres muestran lo que hay debajo de la ropa.

Unas 36 ciudades importantes como Los Ángeles, el aeropuerto JFK de Nueva York, Washington, Dallas, Las Vegas, Miami, etc. se van sumando poco a poco a esta medida muy criticada por varias organizaciones, expertos y pasajeros. Aun así, esos aeropuertos van a funcionar o funcionan ya con escáneres que ofrecen la imagen tridimensional del cuerpo desnudo de los pasajeros. Según los responsables de la seguridad de EEUU, es una medida necesaria debido a las múltiples amenazas terroristas que atentan contra la seguridad de los propios pasajeros.

El sistema de escáneres funciona por ondas electromagnéticas que se proyectan a alta velocidad sobre el cuerpo del pasajero y cuyo láser se utiliza para reconstruir digitalmente la imagen en un ordenador (en tres dimensiones).  Se está estudiando por parte de la Agencia de Seguridad del Transporte (TSA) un plan de ampliación en la implantación de estos escáneres y de ubicarlos en lugares no visibles por los pasajeros. Sin embargo, pese a estas medidas, se ha reactivado polémicas sobre la privacidad que plantean las asociaciones de viajeros y grupos Pro derechos civiles ya que atenta contra la privacidad e integridad del viajero.

Frente a estas oleadas de quejas, las autoridades han explicado el proceso. Según ellos, se trata de un acto voluntario donde el pasajero puede decidir si someterse al escáner o, en su lugar, optar por ser cacheado. El proceso del escáner dura apenas un minuto y la imagen escaneada se borra inmediatamente eliminando así la posibilidad de imprimirla una vez que se hayan resuelto las anomalías. Además, insisten en que las ondas no suponen un peligro para la salud y la privacidad se garantiza gracias al difuminado del rostro.

Pese a la polémica, en otros lugares del mundo ya se están utilizando en aeropuertos como el de Amsterdarm y algunos de Japón.
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